Ini adalah daftar reptil di Indonesia . Daftar ini berasal dari Daftar Merah IUCN. Tengara berikut digunakan untuk menyoroti status pelestarian setiap spesies:
| EX |
Punah |
Tidak ada keraguan yang masuk akal bahwa individu terakhir telah meninggal. |
| EW |
Punah di alam liar |
Diketahui hanya bertahan hidup di penangkaran atau sebagai populasi yang dinaturalisasi jauh di luar jangkauan sebelumnya. |
| CR |
Kritis |
Spesies ini berada dalam risiko kepunahan di alam liar. |
| EN |
Terancam |
Spesies ini menghadapi risiko kepunahan yang sangat tinggi di alam liar. |
| VU |
Rentan |
Spesies ini menghadapi risiko kepunahan yang tinggi di alam liar. |
| NT |
Hampir terancam |
Spesies ini tidak memenuhi kriteria apa pun yang mengkategorikannya sebagai spesies yang berisiko punah, tetapi ada kemungkinan hal itu akan terjadi di masa mendatang. |
| LC |
Risiko rendah |
Tidak ada risiko yang dapat diidentifikasi saat ini terhadap spesies ini. |
| DD |
Data kurang |
Tidak ada informasi yang memadai untuk membuat penilaian risiko terhadap spesies ini. |
Krokodilia adalah sejenis krokodilomorfa pseudosukian, bagian dari arkosaurus yang muncul sekitar 235 juta tahun yang lalu dan merupakan satu-satunya yang selamat dari peristiwa kepunahan Trias – Jura. Ordo tersebut meliputi buaya (famili Crocodylidae), aligator dan kaiman (famili Alligatoridae), serta gharial dan senyulung (famili Gavialidae).
Sauria adalah klad reptil yang terdiri dari kadal, biawak, berangkarung, cecak, tokek, bunglon, dan soa. Secara ilmiah, kelompok besar ini dikenal sebagai subordo atau anak bangsa Lacertilia yang merupakan anggota dari bangsa reptilia bersisik (Squamata) bersama dengan ular.
- Famili: Agamidae
- Genus: Acanthosaura
- Genus: Aphaniotis
- Genus: Bronchocela
- Genus: Calotes
- Genus : Chlamydosaurus
- Genus : Dendragama
- Genus : Draco
- Cekibar janggut-jingga , D. abbreviatus
- Cekibar sulawesi, "D. beccarii
- Cekibar biaro, D. biaro
- Cekibar nusatenggara, D. boschmai
- Cekibar mulut-biru, D. caerulhians
- Cekibar tanduk, D. cornutus
- Cekibar jambul, D. cristatellus
- Cekibar jumbai, D. fimbriatus
- Cekibar janggut-merah, D. hemaetopogon
- Cekibar tahulandang, D. iskandari
- Cekibar loreng, D. lineatus
- Cekibar besar, D. maximus
- Cekibar janggut-hitam, D. melanopogon
- Cekibar enggano, D. modiglianii
- Cekibar loreng-lima, D. quinquefasciatus
- Cekibar banggai, D. rhystima
- Cekibar manado, D. spilonotus
- Cekibar sumatra, D. sumatranus
- Cekibar togean, D. supriatnai
- Cekibar timor, D. timoriensis
- Cekibar jawa, D. volans
- Cekibar sulawesi, D. walkeri
- Genus : Gonocephalus
- Kecuban alas, G. beyschlagi NT
- Kecuban sisir, G. borneensis
- Kecuban hutan, G. chamaelontinus
- Kecuban dayak, G. doriae
- Kecuban besar, G. grandis
- Kecuban bengkulu, G. inauris
- Kecuban singgalang, G. klossi
- Kecuban sunda, G. kuhli
- Kecuban sikulikap, G. lacunosus
- Kecuban mata-biru, G. liogaster
- Kecuban sisik, G. megalepis
- Kecuban barisan, G. pyrius
- Genus : Harpesaurus
- Genus : Hydrosaurus
- Genus : Hypsilurus
- Sakwala bertelinga, H. auritus
- Sakwala dua tanda, H. binotatus
- Sakwala arfak, H. bruijni
- Sakwala papua, H. geelvinkianus
- Sakwala jambul-besar, H. godeffroyi
- Sakwala enarotali, H. hikidanus
- Sakwala gariau, H. magnus
- Sakwala hijau, H. modestus
- Sakwala leher-hitam, H. nigrigularis
- Sakwala nondugl, H. schultzewestrumi
- Sakwala kaimana, H. spinosus
- Sakwala kepala-ramping, H. tenuicephalus
- Genus : Leiolepis
- Genus : Lophocalotes
- Genus : Lophosaurus
- Genus : Pelturagonia
- Genus : Phoxophyrs
- Genus : Pseudocalotes
- Genus : Thaumatorhyncus
- Genus : Tropicagama
- Famili : Anguidae
- Famili : Dibamidae
- Famili : Eublepharidae
- Famili : Gekkonidae
- Genus : Cnemapsis
- Cecak-batu aceh, C. aceh
- Cecak-batu andalas, C. andalas
- Cecak-batu maninjau, C. calderana
- Cecak-batu nias, C. dezwaani
- Cecak-batu simalur, C. jacobsoni
- Cecak-batu kalimantan, C. kendalii
- Cecak-batu minang, C. minang
- Cecak-batu enggano, C. modiglianii
- Cecak-batu sekunyam, C. mumpuniae
- Cecak-batu muria, C. muria
- Cecak-batu pagai, C. pagai
- Cecak-batu belitung, C. purnamai
- Cecak-batu rajabasa, C. rajabasa
- Cecak-batu anambas, C. sundagekko
- Cecak-batu natuna, C. sundainsula
- Cecak-batu tapanuli, C. tapanuli
- Cecak-batu siberut, C. whittenorum
- Genus : Cyrtodactylus
- Kadal-kiting wondiwoi, C. aaroni
- Kadal-kiting minang, "C. awalriyantoi"
- Kadal-kiting agam, C. agamensis
- Kadal-kiting kinabalu, C. baluensis
- Kadal-kiting agam, C. batik
- Kadal-kiting pegunungan, C. boreoclivus
- Kadal-kiting timor, C. celatus
- Kadal-kiting besar, C. consobrinus
- Kadal-kiting flores, C. darmandvillei
- Kadal-kiting maluku, C. deveti
- Kadal-kiting satria, C. equestris
- Kadal-kiting manado, C. fumosus
- Kadal-kiting lombok, C. gordongekkoi
- Kadal-kiting halmahera, C. halmahericus
- Kadal-kiting nunukan, C. hamidyi
- Kadal-kiting ranai, C. hikidai
- Kadal-kiting mekongga, C. hitchi
- Kadal-kiting lombok, C. irianjayaensis
- Kadal-kiting bali, C. jatnai
- Kadal-kiting kabaena, C. jellesmae
- Kadal-kiting komodo, C. laevigatus
- Kadal-kiting sumatra, C. lateralis
- Kadal-kiting malaka, C. majulah
- Kadal-kiting melayu, C. malayanus
- Kadal-kiting pualam, C. marmoratus
- Kadal-kiting mimika, C. mimikanus
- Kadal-kiting irian, C. novaguineae
- Kadal-kiting seram, C. nuaulu
- Kadal-kiting obi, C. papeda
- Kadal-kiting papua, C. papuensis
- Kadal-kiting sumatra, C. lateralis
- Kadal-kiting magetan, C. pecelmadiun
- Kadal-kiting kacamata, C. psarops
- Kadal-kiting liris-empat, C. quadrivirgatus
- Kadal-kiting raja, C. rex
- Kadal-kiting sekunyam, C. rosichonarieforum
- Kadal-kiting tuban, C. semiadii
- Kadal-kiting kerinci, C. semicinctus
- Kadal-kiting sermowai, C. sermowaiensis
- Kadal-kiting duri, C. spinosus
- Kadal-kiting tahuna, C. tahuna
- Kadal-kiting tambora, C. tambora
- Kadal-kiting tanahjampea, C. tanahjampea
- Kadal-kiting kelapa dua, C. wallacei
- Kadal-kiting wetar, C. wetariensis
- Kadal-kiting batanta, C. zugi
- Genus : Gehyra
- Genus : Gekko
- Tokek dayak, G. albofasciolatus
- Tokek mutiara, G. albomaculatus
- Tokek-hutan sumatra, G. brooksi
- Tokek-hutan melayu, G. browni
- Tokek-terbang melayu, G. cicakterbang
- Tokek biasa, G. gecko
- Tokek-katak kalimantan, G. horsfieldi
- Tokek-hutan sulawesi, G. iskandari
- Tokek-katak terbang, G. kuhli
- Tokek rumah, G. monarchus
- Tokek-terbang kinabalu, G. rhacophorus
- Tokek belang-putih, G. vittatus
- Genus : Hemidactylus
- Genus : Hemiphyllodactylus
- Genus : Lepidodactylus
- Genus : Luperosaurus
- Genus : Nactus
- Famili : Lacertidae
- Famili : Lanthanotidae
- Famili : Pygopodidae
- Famili : Scincidae
- Genus : Apterygodon
- Genus : Carlia
- Bengkarung-pelangi babar, C. babarensis
- Bengkarung-pelangi kai, C. beccari
- Bengkarung-pelangi bomberai, C. bomberai
- Bengkarung-pelangi leher-biru, C. caesius
- Bengkarung-pelangi digul, C. diguliensis
- Bengkarung-pelangi coklat, C. fuscua
- Bengkarung-pelangi belang-putih, C. leucotaenia
- Bengkarung-pelangi telinga-hitam, C. nigrauris
- Bengkarung-pelangi macan, C. peronii
- Bengkarung-pelangi kelam, C. pulla
- Bengkarung-pelangi lelogama, C. spinauris
- Bengkarung-pelangi sukur, C. sukur
- Bengkarung-pelangi maluku, C. tutela
- Genus : Cryptoblepharus
- Genus : Ctenotus"
- Genus : Dasia
- Genus : Emoia
- Tingkolak perunggu, E. aenea
- Tingkolak bakau, E. atrocostata"
- Tingkolak papua, E. aurulenta
- Tingkolak papua, E. battersbyi
- Tingkolak doberai, E. baudini
- Tingkolak baliem, E. bogerti
- Tingkolak sibil, E. brongersmai
- Tingkolak ekor-biru, E. caeruleocauda
- Tingkolak sorong, E. callisticta
- Tingkolak dobonsolo, E. cyclops
- Tingkolak digul, E. digul
- Tingkolak irian, E. irianensis
- Tingkolak jakati, E. jakati
- Tingkolak jamur, E. jamur
- Tingkolak sumba, E. kitcheneri
- Tingkolak utakwa, E. klossi
- Tingkolak supiori, E. kordoana
- Tingkolak papua utara, E. kuekenthali
- Tingkolak ekor-panjang, E. longicauda
- Tingkolak toem, E. loveridgei
- Tingkolak besar, E. maxima
- Tingkolak ngga-pilimsit, E. obscura
- Tingkolak leher-bercak, E. oribata
- Tingkolak mafulu, E. pallidiceps
- Tingkolak paniai, E. paniai
- Tingkolak morobe, E. physicae
- Tingkolak-sisik utara, E. physicina
- Tingkolak sungai fly, E. pseudopallidiceps
- Tingkolak morotai, E. reimschisseli
- Tingkolak ekor-merah, E. ruficauda
- Tingkolak komodo, E. similis
- Tingkolak halmahera, E. sorex
- Tingkolak-sisik selatan , E. tropidolepsis
- Tingkolak papua selatan, E. veracunda
- Genus : Eremiascincus
- Genus : Eugongylus
- Genus : Eutropis
- Genus : Glaphyromorphus
- Genus : Lamprolepis
- Genus : Larutia
- Genus : Lipinia
- Kadal-zebra dobonsolo, L. cheesmanae
- Kadal-zebra sulawesi, L. inconspicua
- Kadal-zebra kalimantan, L. inexpectata
- Kadal-zebra sangir, L. infralineolata
- Kadal-zebra papua timur, L. longiceps
- Kadal-zebra miang, L. miangensis
- Kadal-zebra sarawak, L. nitens
- Kadal-zebra papua barat, L. occidentalis
- Kadal-zebra pohon, L. quadrivittata
- Kadal-zebra mentawai, L. relicta
- Kadal-zebra papua utara, L. septentrionalis
- Kadal-zebra garis-pendek, L. subvitatta
- Kadal-zebra doberai, L. venemai
- Kadal-zebra sipora, L. vittigera
- Genus : Lobulia
- Genus : Lygisaurus
- Genus : Lygosoma
- Genus : Nubeoscincus
- Genus : Ornithuroscincus
- Genus : Palaia
- Genus : Papuascincus
- Genus : Prasinohaema
- Genus : Riopa
- Genus : Sphenomorphus
- Bengkarung-hutan ramah, S. amabilis
- Bengkarung-hutan irian barat, S. amblyplacodes
- Bengkarung-hutan penang, S. anomalopus
- Bengkarung-hutan liang kubung, S. buettikoferi
- Bengkarung-hutan kai, S. capitholythos
- Bengkarung-hutan sulawesi, S. celebense
- Bengkarung-hutan bacan, S. comsobrinus
- Bengkarung-hutan leher-biru, S. cyanolaemus
- Bengkarung-hutan doberai, S. dekkerae
- Bengkarung-hutan deroia, S. derooyae
- Bengkarung-hutan filipina, S. fasciatus
- Bengkarung-hutan garis-gelap, S. fuscolineatus
- Bengkarung-hutan yapen, S. jobiensis
- Bengkarung-hutan loreng, S. latifasciatus
- Bengkarung-hutan ekor-panjang, S. longicaudatus
- Bengkarung-hutan irian, S. maindroni
- Bengkarung-hutan sumatra, S. malayanus
- Bengkarung-hutan janggut-hitam, S. melanopogon
- Bengkarung-hutan aru, S. meyeri
- Bengkarung-hutan mimika, S. mimikanus
- Bengkarung-hutan kerdil, S. minutus
- Bengkarung-hutan mentawai, S. modgilianii
- Bengkarung-hutan timur, S. muelleri
- Bengkarung-hutan bogor, S. necopinatus
- Bengkarung-hutan mulut-hitam, S. nigrolabris
- Bengkarung-hutan sisik-halus, S. oligolepsis
- Bengkarung-hutan totol jawa, S. puncticentralis
- Bengkarung-hutan merah, S. rufus
- Bengkarung-hutan sabah, S. sabanus
- Bengkarung-hutan garis-kuning, S. sanctus
- Bengkarung-hutan bontorio, S. sarasinorus
- Bengkarung-hutan komodo, S. schlegeli
- Bengkarung-hutan sungai, S. schultzei
- Bengkarung-hutan selangor, S. scotophilus
- Bengkarung-hutan hitam, S. simus
- Bengkarung-hutan solomon, S. solomonis
- Bengkarung-hutan flores, S. striolatus
- Bengkarung-hutan luhu, S. tropidonotus
- Bengkarung-hutan lekak-lekuk, S. undulatus
- Bengkarung-hutan ijang, S. vanheurni
- Bengkarung-hutan totol filipina, S. variegatus
- Bengkarung-hutan papua selatan, S. wollastoni
- Bengkarung-hutan zimmeri, S. mekongga
- Genus : Subdoluseps
- Genus : Tiliqua
- Genus : Tribolonotus
- Genus : Tropidophorus
- Genus : Tytthoscincus
- Famili : Varanidae
- Genus : Varanus
- Biawak rote, V. auffenbergi
- Biawak aru, V. beccarii
- Biawak-pohon totol-emas, V. boehmei
- Biawak terusi, V. caerulivirens
- Biawak-bakau belang, V. cerambonensis
- Biawak kai, V. colei
- Biawak ekor-biru, V. doreanus
- Biawak kudung, V. dumerilii
- Biawak-bakau biasa, V. indicus
- Biawak papua, V. jobiensis
- Komodo, V. komodoensis
- Biawak biak, V. kordensis
- Biawak talaud, V. lirungensis
- Biawak totol-biru, V. macraei
- Biawak kuning, V. melinus
- Biawak abu-abu, V. nebulosus
- Biawak sagu, V. obor
- Biawak totol-kuning, V. panoptes
- Biawak hijau, V. prasinus
- Biawak talaud, V. lirungensis
- Biawak-bakau mauluku, V. rainerguentheri
- Biawak hitam, V. rudicolis
- Biawak-pohon papua, V. salvadorii
- Biawak air, V. salvator
- Biawak-totol papua, V. similis
- Biawak-totol timor, V. timorensis
- Biawak togian, V. togianus
- Biawak-bakau hitam, V. yuwonoi
- Biawak-bakau halmahera, V. zugorum
Serpentes adalah subordo reptil memanjang tanpa anggota gerak yang dikenali dengan nama ular. Secara kladistik squamata , ular adalah vertebrata amniota ektotermik yang ditutupi sisik yang tumpang tindih seperti anggota kelompok lainnya.
- Famili : Acrochordidae
- Famili : Anomochilidae
- Famili : Boidae
- Famili : Colubridae
- Genus : Ahaetulla
- Genus : Anoplohydrus
- Genus : Boiga
- Ular-kucing bengkulu, B. bengkuluensis
- Ular-kucing bengkulu, B. cynodon
- Ular cincin-emas, B. dendrophila
- Ular-sowo bajing, B. drapiezii
- Ular-pohon cokelat, B. irregularis
- Ular-kucing nusa tenggara, B. hoeseli
- Ular-kucing blorok, B. jaspidea
- Ular tiong bakau, B. melanota
- Ular-kucing blorok, B. jaspidea
- Ular-kucing tutul, B. multomaculata
- Ular-kucing merah, B. nigriceps
- Ular-kucing tanahjampea, B. tanahjampeana
- Genus : Calamaria
- Ular-lalang padang, C. abstrusa
- Ular-lalang muncung-tajam, C. acutirostris
- Ular-lalang perut-putih, C. albuventer
- Ular-lalang bengkulu, C. alidae
- Ular-lalang muncung-tajam, C. acutirostris
- Ular-lalang terus-mata, C. apraeocularis
- Ular-lalang banggai, C. banggaiensis
- Ular-lalang delapan-garis, C. battersbyi
- Ular-lalang dwiwarna, C. bicolor
- Ular-lalang pinapuan, C. boesemani
- Ular-lalang sintang, C. borneensis
- Ular-lalang totol sulawesi, C. brongersmai
- Ular-lalang buton, C. butonensis
- Ular-lalang seram, C. ceramensis
- Ular-lalang besar, C. crassa
- Ular-lalang perut-gelap, C. Curta
- Ular-lalang langkat, C. doederleini
- Ular-lalang sumatra barat, C. eiselti
- Ular-lalang simalur, C. elegans
- Ular-lalang sarawak, C. everetti
- Ular-lalang deli, C. forcarti
- Ular-lalang kelantan, C. gimlettii
- Ular-lalang totol kalimantan, C. grabowskyi
- Ular-lalang samarinda, C. hilleniusi
- Ular-lalang jawa, C. javanica
- Ular-lalang garis-putih, C. latelaris
- Ular-lalang salaut, C. lautensis
- Ular-lalang kalung, C. leucogaster
- Ular-lalang ciluar, C. linnaei
- Ular-lalang moncong-panjang, C. longirostris
- Ular-lalang rejang, C. lovii
- Ular-lalang beragam, C. lumbricoidea
- Ular-lalang dayak, C. lumholtzii
- Ular-lalang leher-belang, C. margaritophora
- Ular-lalang riau, C. mecheli
- Ular-lalang kapuas, C. melanota
- Ular-lalang totol-kuning, C. modesta
- Ular-lalang sulawesi, C. muelleri
- Ular-lalang kepala-pipih, C. nuchalis
- Ular-lalang singkawang, C. rebentischi
- Ular-lalang kepala-merah, C. schlegeli
- Ular-lalang perut-kuning, C. suluensis
- Ular-lalang melayu, C. sumatrana
- Ular-lalang sumatra utara, C. ulmeri
- Ular-lalang buntut-tumpul, C. virgulata
- Genus : Calamorhabdium
