Daftar perguruan tinggi negeri di Daerah Istimewa Yogyakarta

Berikut daftar perguruan tinggi di Daerah Istimewa Yogyakarta yang dikelola oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia (PTN), Kementerian Agama (PTKN), serta perguruan tinggi yang dioperasikan oleh Kementerian/Lembaga non-Kementerian yang terdaftar dalam pangkalan data pendidikan tinggi Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Daftar ini merujuk pada Undang-undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, perguruan tinggi dapat berbentuk Universitas, Institut, Sekolah Tinggi, Politeknik, atau Akademi. Secara keseluruhan terdapat 13 perguruan tinggi negeri di Daerah Istimewa Yogyakarta. 4 perguruan tinggi berbentuk Universitas, 1 perguruan tinggi berbentuk Institut, 4 perguruan tinggi berbentuk Politeknik, 2 perguruan tinggi berbentuk Sekolah Tinggi, dan 2 perguruan tinggi berbentuk Akademi.