Berikut adalah daftar Wali Kota Jayapura secara definitif sejak tahun 1994 di bawah Pemerintah Republik Indonesia.
Sumber: Lihat artikel asli di Wikipedia

| Wali Kota Jayapura | |
|---|---|
Lambang daerah Kota Jayapura | |
| Pemerintah Kota Jayapura | |
| Gelar | Yang Terhormat (formal) |
| Kediaman | Rumah Dinas Wali Kota Jayapura |
| Ditunjuk oleh | Pemilihan umum langsung |
| Masa jabatan | 5 tahun, dapat diperpanjang sekali |
| Pendahulu | Wali Kota Administratif Jayapura |
| Dibentuk | 1994 |
| Pejabat pertama | R. Roemantyo |
| Wakil | Wakil Wali Kota Jayapura |
| Situs web | Situs web resmi |
Berikut adalah daftar Wali Kota Jayapura secara definitif sejak tahun 1994 di bawah Pemerintah Republik Indonesia.
| No. | Wali Kota (Lahir–Wafat) |
Potret | Partai | Awal | Akhir | Masa jabatan | Periode | Wakil | Ref. | ||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | R. Roemantyo | Nonpartisipan | 1994 | 1999 | 4–5 tahun | I (1994) |
Tidak ada | ||||
| 2 | Menase Robert Kambu (lahir 1948) |
Nonpartisipan | 2000 | 2005 | 4–5 tahun | II (2000) |
J.I. Renyaan | ||||
| 2005 | 2010 | 4–5 tahun | III (2005) |
Sudjarwo | |||||||
| 3 | Benhur Tomi Mano (lahir 1965) |
PDI-P | 21 Juli 2011 | 21 Juli 2016 | 5 tahun, 0 hari | IV (2010) |
Nur Alam | ||||
| 22 Mei 2017 | 22 Mei 2022 | 5 tahun, 0 hari | V (2017) |
Rustan Saru | [1] | ||||||
| 4 | Abisai Rollo (lahir 1967) |
Golkar | 20 Februari 2025 | Petahana | 1 tahun, 63 hari | VI (2024) |
|||||
Dalam tumpuk pemerintahan, seorang kepala daerah yang mengajukan diri untuk cuti atau berhenti sementara dari jabatannya kepada pemerintah pusat, maka Menteri Dalam Negeri menyiapkan penggantinya yang merupakan birokrat di pemerintah daerah atau bahkan wakil wali kota, termasuk ketika posisi wali kota berada dalam masa transisi.
| Pejabat | Potret | Partai | Awal | Akhir | Masa jabatan | Periode | Wali Kota definitif | Ref. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| R. Roemantyo (Penjabat) |
Nonpartisipan | 1993 | 1994 | 0–1 tahun | – | Transisi (1993–1994) | |||
| J.P. Nerokouw (Pelaksana harian) |
Nonpartisipan | 24 Agustus 2010 | 16 September 2010 | 23 hari | – | Transisi (2010–2011) | |||
| Elieser Renmaur (Penjabat) |
Non partisipan | 16 September 2010 | 21 Juli 2011 | 308 hari | – | ||||
| Rudolf Dace Siahaya (Pelaksana harian) |
Nonpartisipan | 21 Juli 2016 | 23 Agustus 2016 | 33 hari | – | Transisi (2016–2017) | |||
| Daniel Pahabol (Penjabat) |
Nonpartisipan | 23 Agustus 2016 | 22 Mei 2017 | 272 hari | – | ||||
| Frans Pekey (lahir 1967) (Penjabat) |
Nonpartisipan | 22 Mei 2022 | 27 Mei 2022 | 5 hari | – | Transisi (2022–2025) | [2] | ||
| 27 Mei 2022 | 27 Mei 2024 | 2 tahun, 0 hari | [3] | ||||||
| Lukas Christian Sohilait (Penjabat) |
Nonpartisipan | 27 Mei 2024 | 20 Februari 2025 | 269 hari | – | ||||