Sementara ini, sebelum terbentuknya balai pengelola taman nasional, TN G Merapi berada di bawah pengelolaan Balai KSDA (Konservasi Sumber Daya Alam) Yogyakarta. Posisi geografis kawasan TN Gunung Merapi adalah di antara koordinat 07°22'33" - 07°52'30" LS dan 110°15'00" - 110°37'30" BT. Wilayah TN G Merapi berada pada ketinggian antara 600 - 2.968 m dpl.
