Sungai ini berawal di Lake Tear of the Clouds, di kaki Mount Marcy di Pegunungan Adirondack, mengalir melintasi Albany, dan membentuk perbatasan antara New York City dan New Jersey di mulutnya sebelum berakhir di Teluk New York Hulu. Setengah bagian hilirnya berupa muara pasang yang menempati Hudson Fjord yang terbentuk selama glasiasi terakhir Amerika Utara selama bagian akhir Tahap Wiconsin pada Zaman Maksimum Glasial Akhir (26.000 - 13.300 tahun yang lalu). Air pasang memengaruhi aliran Hudson sampai sejauh kota Troy di utara.
