Dalam administrasi negara Indonesia, kota adalah salah satu satuan daerah otonom sekaligus wilayah administratif yang berupa daerah tingkat II di Indonesia, yang satu tingkat di bawah provinsi dan satu tingkat di atas kecamatan. Daerah kota setingkat dengan daerah kabupaten. Ciri-ciri yang paling menonjol antara kota bila dibandingkan dengan kabupaten, terutama menurut UUD 1945 dan UU No. 23 Tahun 2014, adalah bahwa kota dipimpin oleh wali kota dan didampingi oleh wakil wali kota. Kedua penjabat jabatan tersebut umumnya dipilih secara langsung oleh warga kota melalui pemilihan umum. Istilah "kota" di dalam UUD 1945 dan UU Pemerintahan Daerah saat ini merupakan kelanjutan dari istilah "kota madya" yang diganti dalam UU No. 22 Tahun 1999.
Kota dalam sistem pembagian wilayah administratif Indonesia belum tentu sama dengan daerah yang disebut kota secara umum. Banyak dari ibu kota kabupaten atau daerah-daerah lain di bawah kabupaten yang sering juga dianggap sebagai "kota" meskipun daerah tersebut secara administratif merupakan kecamatan atau desa/kelurahan. Kebiasaan ini berakar dari keberadaan kota praja yang merujuk pada daerah-daerah tersebut, yang dihapuskan pada UU No. 5 Tahun 1974. Selain itu, Daerah Khusus Ibukota (DKI) Jakarta juga sering dianggap sebagai kota meskipun status administrasinya yang merupakan provinsi, oleh karena kedudukan Jakarta yang dahulu berstatus sebagai kotaraya atau kota praja.
