Koleksi museum ini berupa benda purbakala masa prasejarah sampai kerajaan-kerajaan lama. Salah satu koleksi benda purbakala, yaitu Ceremonial Axe 'Corong'. Sejenis kapak yang digunakan untuk ritual.
Koleksi era kerajaan Hindu-Budha, yaitu Surya Majapahit Symbol. Lambang ini berbentuk Matahari dengan sinarnya yang mengarah ke 8 pejuru mata angin.
Koleksi lainnya dari museum ini di era kerajaan Islam, yaitu Arabic Calligraphy a Set Sireh. Bentuknya yang bulat dengan dihiasi motif tulisan Arab kaligrafi yang berisi do'a keselamatan.
Sepasang Patung Loro Blonyo yang dipercaya sebagai simbol kebahagiaan bagi pasangan suami istri.
Bakiak/Teklek berukir sulur, dengan perpaduan motif gaya Madura dan Tionghoa yang biasa dipakai para wanita bangsawan.
Kentongan kayu berbentuk sosok laki-laki berkopiah digunakan sebagai penanda waktu sholat di mushola.
Koleksi Wayang Kayu tokoh Durna merupakan tokoh sakti yang menjadi guru bagi Pandawa maupun Kurawa.
Koleksi Wayang Golek Fabel berkarakter hewan, yaitu Katak dan Babi.
Sampiran kelambu dengan bentuk pengantin, perempuan memakai ikat kepala dan laki-laki memakai kopiah.
Arabic Calligraphy Tray koleksi History of Java Museum. Berfungsi sebagai tempat makanan/minuman dalam upacara keagamaan dan hari besar.
