Pada akhir 1990-an dan awal 2000-an, terjadi krisis keuangan dan sistem operasional yang menghantam maskapai dengan keras, menyebabkan Garuda Indonesia memangkas layanan secara drastis.
Maskapai ini juga mengoperasikan anak perusahaan berbiaya rendah, Citilink, yang menyediakan penerbangan murah ke beberapa tujuan Indonesia dan berdiri sendiri pada tahun 2012. Pada November 2018, maskapai mengambil alih operasi serta pengelolaan keuangan Sriwijaya Air melalui perjanjian Kerjasama operasional (KSO) Kerjasama ini berakhir pada Desember tahun 2019.
